El mundo de Infinite stratos a entrado en un gran conflicto (guerra) y los héroes de la historia entraran en acción para detener a un enemigo que nadie espera.

Han pasado 3 años de la derrota de la "Unión de Naciones", ahora Ichika, Rin, Kanzashi y Tatenashi encabezan la rebelión, conocidos ahora como los "rebeldes", buscan terminar con "la noche más larga del mundo", el momento de continuar la lucha ha llegado y el recuentro con aun amiga perdida les dará aun mas esperanza.