Hace mucho tiempo, incluso antes de la Fundación de Equestria, un malvado rey unicornio aterrorizó a los pueblos equinos, pero este fue detenido por un poderoso Caballero Alado. Siglos después, un empresario de Canterlot ha despertado a este ente del pasado, por lo que depende de Twilight Sparkle y sus aliados buscar al mítico caballero y detener al rey unicornio.

Cuatro meses después del Incidente en el Everfree Vacation Center, Sunset Shimmer viaja a la ciudad de Sire's Hollow encontrándose en el camino con un joven policía llamado Comet Tail. Ambos llegan a una ciudad devastada por un extraña infección, por lo que ahora estarán en una carrera por sobrevivir y así escapar de este infierno. Basado en el universo de EG y RE2

La Princesa Celestia ha sido asesinada. Twilight Sparkle ha sido arrestada sin justificación y encerrada en las mazmorras de Canterlot. Sin embargo, ella se vera envuelta en un mundo lleno de corrupción, conspiraciones, atentados y abusos. Solamente la ayuda de la Princesa Candace y de una extraña agrupación dedicada a salvar la vida de inocentes, la salvaran de la muerte.