Luego de la destruccion del navio, las tensiones entre XCOM y el Consejo estan mas altas que nunca. A pesar de la creciente oposicion y supervision, el Comandante no duda en impulsar a la humanidad aun mas lejos hacia territorio desconocido, ademas de tratar con una conspiracion global ancestral, y un creciente numero de paises que buscan tomar ventaja de la invasion inicial.