Dos años después, un semental llega a Canterlot con anticipo y gracias a su mejor amiga decide mudarse a Ponyville junto con su hermano, en su camino se reencuentran con un viejo amigo de la adolescencia que oculta un grave y obscuro secreto que pondría en peligro sus vidas y todo aquello que aman, aliandose con el Doctor, deberan defender todo aquello que es importante para ellos.

Los pegasos quieren dominar toda Equestria para ser reconocidos, despiertan a un antiguo mal y deciden acabar con unicornios y terrestres, Twilight al saber sus acciones, debe ponerse en marcha en un largo viaje, en su camino se encuentra con los futuros salvadores de Equestria, juntos deben buscar una solucion para lo deben enfrentar, la verdadera amenaza esta por llegar...