Con la invención de la tecnología Enlace, los combates Pokémon han cambiado. Ahora, los entrenadores luchan transformados en Pokémon en vez de entrenar a un equipo. Un joven llamado Ryku iniciará su aventura como entrenador de Enlace buscando superar el desafío del Alto Mando para cumplir una promesa. Pero, sin darse cuenta, entrará en un mundo lleno de peligros y secretos.