Alors que la prestigieuse guilde de Fairy Tail fête le bon dénouement des événements de l'arc de l'Éclipse et des Grands Jeux Magiques, celle-ci est loin de se douter qu'un danger de plus guette son monde. L'heure est enfin venue et la quête pour la mystérieuse Lost Diamond se profile à l'horizon. De plus, une étrange mage fait son apparition, voulant devenir une des leurs...

L'histoire commence peu de temps avant le début de la saison 2, qui met en scène l'Académie Alius. Pour parfaire son plan malsain, Seijirou Kira créé "Astral", une nouvelle équipe de division suprême menée par la mystérieuse Andromède. Burn, qui désapprouve cette idée, compte bien bien lui montrer qu'ici, c'est lui le plus fort.

Amy Rose est une jeune hybride âgée de 17 ans. Lors d'une soirée organisée par sa rivale, Rouge the Bat, filles et garçons s'affrontent pour savoir laquelle des deux gentes est la meilleure. Ainsi, Amy à une idée, un défi qui opposera les hybrides féminins au masculins : survivre sur l'île flottante d'Angel Island. Mais dans l'ombre, l'infâme Dr. Eggman guette...