Tras el Tercer Impacto, Shinji vagó por la tierra por un periodo indefinido. Su mente estaba perdida, todo lo que sabía hacer era avanzar hacia adelante. Un día se topó con el cuerpo de Asuka, lo que le hizo recuperar sus recuerdos. Comprendiendo de ese modo que solo él podía cambiar su destino. Rei y Kaworu se aparecen ante él y le ofrecen la oportunidad de regresar al pasado.