Trois ans ont passé depuis la quatrième grande guerre ninja, le monde ninja est dans une période de paix relative, grâce à l'alliance shinobi, mise en place depuis la guerre. Naozumi Amami, désireux de retourner dans son village d'origine et de retrouver la tombe de sa chère épouse, revient à Suna avec ses trois petites filles qu'il élève depuis la mort de leurs parents.

Megan et Alice, deux amies très différentes et pourtant inséparables, n'aurait jamais imaginé vivre un voyage inattendu en terre du milieu. Mais le destin à décidé de les séparer à travers l'espace et les temps.