Les 4 assassins, Desmond, Shaun, Rebecca et Lucy luttent contre l'emprise du pouvoir par les Templiers. Cependant, que faire lorsque ces derniers disposent d'un outil technologique supérieur non reconnu par les assassins? Et si l'Animus devenait incontrôlable? Les assassins parviendraient t'ils à stopper le bug?