Shinji fa qualcosa di diverso quando Asuka gli propone di baciarsi... e tutto cambia. Improvvisamente, non sono più da soli e iniziano a diventare più forti di quanto non lo fossero mai stati prima. E dal loro nuovo legame iniziano a scaturire dei cambiamenti. La guerra agli angeli e i piani della SEELE e della NERV non saranno più gli stessi.