Sonic y compañía estaban preparándose para ver un doble eclipse, cuya prolongación será de 1 noche y 1 día; sin embargo, antes del evento se reportaron desapariciones que ocurren por Seaside Island. Aún no se sabe quien es el responsable pero los pocos testigos describían y aseguraban a los responsables, ser la misma pandilla del erizo.

En una misión de exploración en una galaxia desconocida, la nave "Santa Unificación" termino emboscada por una flota de la UNSC. Los tripulantes huyeron en uno de los planetas de dicha galaxia por los daños recibidos, ahora los pocos sobrevivientes deberán reparar las comunicaciones para llamar a un equipo de rescate, lo que ninguno de ellos saben, es que estarán en el apocalipsis.

Tras una lucha pérdida contra la UNSC y tener que realizar un aterrizaje forzoso en donde solo 8 miembros sobrevivieron, nuestros protagonistas tendrán que sobrevivir a este nuevo planeta hasta que sean contactados por Gran Caridad, sin saber que en aquel mundo les aguarda un viaje inesperado y sobrenatural.