Amu y los guardianes se graduaron de la primaria Seiyo, ahora entraran a una nueva etapa, la secundaria, conocerán nuevos amigos, nuevos enemigos, sobretodo Amu guarda un secreto a los guardianes, ahora Easter es su aliado además ya encontraron el Embryo; también las Tokyo Mew Mew se mudaran al distrito de Amu. ¿se harán amigos o tendrán una rivalidad?