La situation est tendue au royaume de Konoha. Madara Uchiwa, aidé par son organisation secrète Sharingan, a usurpé le pouvoir. Le couple royal est mort et le prince héritier a disparu. Madara ordonne à l'Akatsuki, son unité de mercenaires d'élite, de le retrouver coûte que coûte. UA, donc l'univers de Naruto n'est pas vraiment respecté, même s'il restera pas mal de similitudes.