A pasado años desde la ultimas vez en que Pit y la diosa Palutena se enfrentaron a Hades. Pero eso no significa que hayan ganado; la especie humana esta en constantes batallas y guerras para mantener sus supervivencias. Se inicia una guerra en el que se implican muchos individuos, tanto dioses como mortales, todos defendiendo sus territorios y naciones; sin compacion ante otros.

Yen, una chica de 15 años, viaja por el mundo pokemon, a pesar de que no conoce nada de aquel lugar. perdió la memoria y no sabe por que, pero con la ayuda de unos cuantos amigos va recordando sobre ella y su infancia, ademas de descubrir ciertas verdades de su persona que nunca se hubiera imaginado. N esta basado tanto en el juego como en el anime. es un YenxN