Conan se enfrenta a una serie de asesinatos indiscriminados producidos por un misterioso asesino en serie de alias "Manhattan"; por otro lado, hace su aparición un nuevo estudiante extranjero en clase de Ran y Sonoko que parece guardar muchos secretos. Mientras tanto, Ai Haibara empieza a recordar momentos de su pasado.. ¿Estará todo relacionado? (1ª parte. Una sola victima)