La 4ème Grande Guerre Ninjas continue de plus belle avec Naruto et ses compagnons qui se battent sans cesse contre Madara et Obito pour stopper la fin du monde qui n'est qu'une question de temps car le "Tsukuyomi Infini" arrive à terme. Mais un drame va se produire, et entraîner N. dans un autre monde et une course contre la montre qui changerait le destin des 2 mondes...