Cela fait une centaine d'années que les vampires font régner la terreur sur la terre. Les vampires Hunters sont les seuls humains ayant la force de s'y opposer. K est un des meilleurs chasseurs de vampires qui soient, mais qu'adviendra-t-il de lui lorsqu'une mission un peu trop risquée entraîne sa capture par le redoutable seigneur du nid du Ryuseï, Lucifer?

Le royaume d'Hyrule, jadis brillant et prospère est actuellement sous la coupe des Gérudo et de leur roi Ganondorf. Cependant, une prophétie vient d'annoncer l'arrivée d'un héros. Juste au même moment, les chefs des rebelles viennent d'apprendre l'existence du fils d'un charismatique chef de guerre. Le Linki Code est lancé.