Voici maintenant un an que Shinichi Kudo est coincé dans le corps de Conan. Mais ce dernier ne cherche plus tant que sa a retrouver son corps d'origine, pensant que plus rien ne peut l'atteindre lui et Haibara après les évènemens du mystery train. Certains se découvriront de nouveaux sentiments, tandis que de nouveaux personnages feront bouger les choses, en bien où en mal ...