Uma nova leva de reploids se alista aos Irregular Hunters e começam seus treinamentos, mas eles não esperavam que a Repliforce fosse declarar independência nesse período e que uma verdadeira guerra entre ela e os Hunters fosse começar. Em meio a esses acontecimentos, uma figura misteriosa age.

O Dragonborn, Lydia e Aela se aventuram em Skyrim quando se veem diante do apelo de um capitão da Legião pedindo-lhes para salvá-los de um infortúnio que se acometeu sobre um forte dominado por eles.

A Crise Energética passou, mas um setor inexplorado, e com sinais de energia abundante, surge no mapa da Resistência. Zero e Ciel vão para investigá-lo, mas descobrem mais sobre ambos do que sobre o local.