Seorang anak bernama Arra menyimpan balas dendam akibat hancurnya kampung halaman akibat dari serangan "Pelahap Dunia." 10 tahun kemudian, ia menjadi siswa baru Imperial Academy untuk mengungkap "Pelahap Dunia" dan membalaskan dendam kesumat yang membara di dalam hatinya!

Alexandr Yablonsetv Shimizu, seorang siswa SD academy bertakdirkan menjadi SD user yg kuat. dengan kekuatan SD (SeedDestiny) ia dapat berubah menjadi Kamen Rider Whistler, namun masalah demi masalah muncul dihadapanya, diantaranya latar belakang teman masa smpnya Roy Johanssen,Dan juga pecahannya organisasi pengembangan SD yang berkonflik.